Przemysłowe przetwórstwo jaj musi się odbywać w sterylnych warunkach. Urządzenia i pomieszczenia wykorzystywane w trakcie procesów przygotowujących surowiec do wyrobu gotowych produktów jajecznych muszą być czyste i spełniać wymagania określone w dyrektywach Unii Europejskiej.

Czołowe zakłady przetwórstwa jaj w celu utrzymania czystości stosują system CIP (skrót od angielskiego Cleaning in Place). Aspekty sanitarne w produkcji żywności odgrywają coraz większą rolę, dlatego kolejne firmy wdrażają ten system w swoich fabrykach. Pozwala on szybko i skutecznie uporać się z zanieczyszczeniami, które czyhają na jaja i jego wypreparowane podczas kolejnych etapów przetwórstwa składniki: żółtko i białko.

Czyste muszą być także pomieszczenia, w których przechowuje się gotowe produkty takie jak: masa jajowa, proszki jajowe oraz inne suszone i płynne przetwory jajeczne.

Zakłady przetwórstwa systematycznie kontroluje Sanepid i lekarz weterynarii. Jednak przedsiębiorstwa, które wdrożyły CIP, nie muszą się niczego obawiać, gdyż program ten szybko i skutecznie pozwala osiągnąć wyznaczone standardy. Co ważniejsze, stosując CIP, nie trzeba demontować czyszczonych urządzeń.